ARS News Service
Agricultural Research Service, USDA
Luis Pons, (301) 504-1628, lpons@ars.usda.gov

Landmark Agricultural Research Service (ARS) work on genes governing tomato ripening and nutritional content are the cornerstone of the Tomato Expression Database (TED), a Cornell University website funded by ARS and the National Science Foundation (NSF).

The site, part of the NSF's ongoing Tomato Genomics Project, gives researchers worldwide access to data they can use to develop new theories on tomato genetics--and to expand upon what's already known about this popular food.

The site comprises four sections created and maintained by molecular biologist James Giovannoni of ARS' U.S. Plant, Soil and Nutrition Laboratory in Ithaca, N.Y., in collaboration with Cornell, the University of Florida, and Virginia Tech University's Virginia Bioinformatics Institute.

Giovannoni has led breakthrough research by ARS and other institutions that identified key genes that control the ripening of tomatoes. The TED website provides large-scale tomato gene expression data generated from "microarrays" - collections of microscopic DNA samples on glass chips that allow scientists to assess thousands of genes in an organism.

One section within TED is a tomato microarray data-storage "warehouse," which serves as a source of downloadable raw research information.

TED's microarray expression database, meanwhile, offers information analyzed in Giovannoni's laboratory on gene expression related to fruit development and ripening. It also contains data that allows for genetic comparisons between normal and mutant tomatoes.

The site's digital expression database presents information that's similar, but based upon expressed tag sequences. These sequences identify genes through expression in RNA that's reflected in DNA. A fourth database, the tomato metabolite database, has information on the chemical composition of tomatoes, along with comparative gene-expression data. It's designed to help researchers develop and test hypotheses on how flavor and texture attributes of tomato fruit are regulated.

The TED site also allows users with a login ID and password to submit new data.

According to Giovannoni, a recent NSF grant will allow for an expansion of the TED site, which is accessible online at http://ted.bti.cornell.edu.

ARS is the U.S. Department of Agriculture's chief scientific research agency.

Un sitio Web del ARS provee muchos datos sobre estudios del tomate

Servicio Noticiero del Servicio de Investigación Agrícola (ARS siglas en inglés)
Departamento de Agricultura (USDA siglas en inglés)
Luis Pons, (301) 504-1628, lpons@ars.usda.gov

Estudios importantes por el Servicio de Investigación Agrícola (ARS) sobre genes que controlan la maduración y el contenido nutritivo del tomate forman el fundamento de la Base de Datos de Expresión del Tomate (TED por sus siglas en inglés), un sitio Web de la Universidad Cornell financiado por ARS y la Fundación Nacional de Ciencia (NSF).

El sitio Web, parte del Proyecto del Genoma del Tomate de NSF, les da a los investigadores un acceso mundial a los datos que ellos pueden usar para desarrollar nuevas teorías sobre la genética del tomate – y ampliar lo que ya se sabe de este alimento popular.

TED consiste en cuatro secciones creadas y mantenidas por el biólogo molecular James Giovannoni del Laboratorio Estadounidense de Planta, Suelo y Nutrición mantenido por ARS en Ithaca, Nueva York, en colaboración con Cornell, la Universidad de la Florida, y el Instituto de Bioinformáticas de Virginia, parte de la Universidad de Virginia Tech.

Giovannoni ha dirigido investigaciones importantes por ARS y otras instituciones que han identificado genes claves que controlan la maduración de tomates. TED provee datos de escala amplia de la expresión de genes del tomate que son generados de "microarreglos" – colecciones de muestras microscópicas de ADN que les permiten a los científicos a evaluar miles de genes en un organismo.

Una sección del TED es el "deposito" del almacenaje de datos de microarreglos del tomate, el cual sirve como una fuente de información de nueva investigación.

La base de datos de expresión de microarreglos de TED, mientras tanto, ofrece información analizada en el laboratorio de Giovannoni sobre la expresión de gene relacionada al desarrollo de fruta y maduración. También contiene datos que permite comparaciones entre tomates normales y mutantes.

La base de datos de expresión digital del sitio Web presenta información que es similar, pero basada en secuencias expresadas 'tag'. Estas secuencias identifican los genes a través de expresión en ARN que son reflejados en ADN. La cuarta base de datos, la base de datos metabolito del tomate, tiene información sobre la composición química de tomates, junto con datos comparativos de expresión de gene. Es diseñada para ayudar investigadores a desarrollar y ensayar hipótesis sobre cómo los atributos de sabor y textura del tomate son regulados.

El sitio TED también permite a los utilizadores registrados a someter nuevos datos.

Según Giovannoni, financiamiento reciente del NSF permitirá una expansión del sitio de TED, el cual es accesible por Internet en: http://ted.bti.cornell.edu.

ARS es la agencia principal de investigaciones científicas del Departamento de Agricultura de Estados Unidos.