Wageningen, The Netherlands
November 19, 2007
 Wageningen University and Research Centre (Wageningen UR)
has announced that it is investing in ‘second generation’
equipment for DNA sequencing (determining the order of the
building blocks (‘bases’) of genetic material). The purchase of
the Roche Genome Sequencer FLX (GS FLX) developed by 454 Life
Sciences™ will provide Wageningen UR with the opportunity to
determine the entire DNA structure of plants, animals and
micro-organisms on a much larger scale. This will enhance its
leading position in international DNA research. The Potato
Genome Sequencing Consortium and the Centre for Biosystems
Genomics (CBSG) are co-financing the acquisition of the
equipment.
The GS FLX will be placed at the Bioscience business unit of
Plant Research International,
which has been one of the world’s leading laboratories for DNA
sequencing since the 1990s. The institute was part of the global
research network that first charted and published the complete
DNA (the genome) of a plant. Plant Research International has
subsequently been involved with a large number of research
programmes researching the DNA (or specific parts thereof) of
major plants, fungi, bacteria and viruses.
Using second generation DNA sequencers, it is no longer
necessary to amplify (multiply) the DNA in bacteria prior to
analysis In addition, it will be possible to analyse larger
batches of DNA fragments simultaneously. Wageningen UR expects
to be able to read DNA 500 times faster with the new equipment
and will work together with the equipment manufacturer to
further develop analysis protocols.
This revolutionary development in DNA sequencing technology will
solve new research issues, especially with regard to the
relationship between DNA base sequences and the resulting traits
of an organism. This will open the door to large-scale
comparative research projects on which genes are active and when
(expression analysis), on the small differences in DNA sequence
between individuals (SNPs), and on the occurrence and influence
of a recently discovered group of regulating sequences (small
RNAs). It will also be possible to compare the entire DNA of
plant and animal species and varieties. The resulting knowledge
will lead to more efficient and faster work processes in the
(plant) breeding sectors and will also be used for white
bio-technology and ecological research.
It is expected that the GS FLX will be in service in December
this year. One of the first projects to benefit will be the
international research into the genomes of the potato and tomato
being carried out by the Potato Genome Sequencing Consortium and
the Centre for Biosystems Genomics.
The Plant Sciences Group of
Wageningen UR is a collaboration of:
- Plant Research International B.V.
- Applied Plant Research (Praktijkonderzoek Plant & Omgeving
B.V.)
- Wageningen University
Wageningen UR investeert in nieuwe generatie DNA-sequencers
Wageningen UR gaat investeren in
zogenoemde ‘tweede generatie’ apparatuur voor DNA-sequencing,
het aflezen van de bouwsteenvolgorde (basen) van het erfelijk
materiaal. De aanschaf van de door het bedrijf 454 Life
Sciences™ ontwikkelde Roche Genome Sequencer FLX (GS FLX) geeft
Wageningen UR de mogelijkheid, om op een nog veel grotere schaal
dan nu al het geval is, de hele DNA-samenstelling af te lezen
van planten, dieren en micro-organismen. Daarmee versterkt
Wageningen UR zijn internationaal vooraanstaande positie in het
DNA-onderzoek. Naast Wageningen UR dragen het Potato Genome
Sequencing Consortium en het Centre for Biosystems Genomics
financieel bij aan deze aanschaf.
De GS FLX zal geplaatst worden bij de business unit Bioscience
van Plant Research International, sinds de negentiger jaren één
van de top-laboratoria voor het sequencen van DNA. Het instituut
behoorde tot het wereldwijde onderzoeknetwerk dat het eerste
volledige DNA (het genoom) van een plant in kaart bracht en
publiceerde. Sindsdien is Plant Research International betrokken
bij een groot aantal onderzoekpogramma’s waarin het volledige
DNA, of specifieke delen daarvan, onderzocht wordt bij
belangrijke planten, schimmels, bacteriën en virussen.
Met de ‘tweede generatie’ DNA-sequencers is het niet meer nodig
om het DNA vóór de analyse in bacteriën te vermeerderen.
Daarnaast kunnen veel grotere hoeveelheden verschillende
DNA-fragmenten tegelijkertijd geanalyseerd worden. Wageningen UR
verwacht met de nieuwe apparatuur tot 500 keer sneller DNA te
kunnen aflezen dan nu het geval is, en werkt samen met de
producent van de apparatuur aan verdere optimalisatie van de
analyseprotocollen.
Met deze revolutionaire ontwikkeling in DNA-sequencing
technologie kunnen nieuwe onderzoeksvragen beantwoord worden,
vooral met betrekking tot de relatie tussen DNA basenvolgorde en
de uiteindelijke eigenschappen van een organisme. Onder andere
kunnen nu grootschalige vergelijkende onderzoeken gedaan worden
naar welke genen wanneer actief zijn (expressie analyse), naar
kleine verschillen in DNA volgorde tussen individuen (zogenaamde
SNP’s) of naar het voorkomen en de invloed van een recent
ontdekte groep van regulerende sequenties (micro RNA’s). Ook
wordt het haalbaar om het volledige DNA van planten- en
dierenrassen en veredelingslijnen volledig met elkaar te
vergelijken. Met de kennis die hier uit voortkomt, kan er in de
plantenveredelings- en fokkerij-sectoren, maar ook in de witte
biotechnologie of in het ecologisch onderzoek, gerichter en
sneller worden gewerkt.
De GS FLX zal naar verwachting in december in gebruik genomen
gaan worden, onder andere voor het (internationale) onderzoek
naar de genomen van aardappel en tomaat, zoals die worden
uitgevoerd binnen het Potato Genome Sequencing Consortium en het
Centre for Biosystems Genomics. |
|
