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« Vous avez dit sélection génomique ? »


France
November 2015

Source: AKER Betterave2020

ellen-goudemandEllen Goudemand (Florimond Desprez)  

Ingénieur agronome, diplômée d'AgroCampus Ouest, Ellen Goudemand est, depuis 2010, responsable de projets en génétique et statistique au sein du Laboratoire de Génétique et de Biométrie chez Florimond Desprez. Elle est co-leader du WP 5 du programme AKER.

Ellen est spécialisée en statistiques expérimentales, cartographie génétique, détection de régions du génome liées à des caractères d'intérêt... Mais son cheval de bataille, qui l'occupe à mi-temps, c'est la sélection génomique sur de nombreuses espèces. Elle explique : « Le programme AKER prend exemple sur une méthode de sélection qui a fait ses preuves chez les bovins laitiers et se propose de l'appliquer à la betterave sucrière ».

La sélection génomique prédit simultanément tous les effets des régions marquées du génome, puis construit un index génomique en additionnant les effets de chaque région en vue de sélectionner les meilleures variétés en se basant sur cet index. « Dans le cadre du programme AKER, on met actuellement en place cette nouvelle méthode de sélection sur les populations élites », poursuit Ellen.

Preuve de concept

Tout débute avec une population globale élite pour laquelle on dispose d'un génotypage et d'un phénotypage. A partir de cette population globale, on définit une population d'entraînement qui va permettre de calibrer le modèle grâce à la mise en parallèle de son phénotypage et de son génotypage, et une population de validation pour laquelle uniquement son génotypage est utilisé. La population d'entraînement est utilisée pour prédire les performances de la population de validation et ces performances prédites sont ensuite comparées aux performances réelles disponibles.

« En validation croisée, preuve de concept in silico (par l'outil informatique), la sélection génomique de la betterave fonctionne avec des précisions de prédiction de 75-80 % », affirme Ellen avec pédagogie. A titre d'exemple, une population d'entraînement de 1 300 lignées de betteraves permet d'obtenir une capacité de prédiction moyenne de 0,775 pour le caractère « rendement en sucre blanc ».

Deux schémas de sélection

Il convient ensuite d'appliquer ce modèle sur des populations en cours de sélection, dont le phénotype est encore inconnu, provenant de croisements entre deux parents élites. Deux schémas principaux vont être comparés : sélection phénotypique classique et sélection génomique. A l'issue du programme, la population AKER issue des croisements entre un parent élite et les accessions sauvages sera prise comme population d'entraînement, et on pourra appliquer la sélection génomique pour la prédiction et la sélection des individus issus des croisements post-AKER.

« L'intérêt de cette méthode réside dans le gain de temps et dans l'augmentation des précisions de sélection qu'elle permet », conclut Ellen qui est souvent sollicitée pour parler du programme AKER, tant en France que dans les congrès scientifiques internationaux.



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    . AKER Betterave 2020
    . Florimond Desprez


Website: http://www.aker-betterave.fr

Published: November 23, 2015



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