Thousand Oaks, California, USA
July 8, 2014
- Company will pursue additional enterprise-grade installations among life science companies
- Software as a Service option planned for broader research community
Ceres, Inc. (NASDAQ: CERE), an agricultural biotechnology and seed company, today announced that the company has licensed its Persephone genome visualization application to Bayer CropScience. The multi-year software license and collaboration agreement provides a non-exclusive license to Bayer as well as professional services including support, customizations and maintenance. Bayer is the second multi-national life sciences company to license Persephone as its primary genome browser.
Originally developed for in-house use by Ceres, Persephone allows researchers to rapidly zoom in and out of massive amounts of genetic data, from a chromosome level to a single building block of DNA. On top of this data, users can layer and cross reference related information in much the same way geographic mapping services allow users to add weather information or business locations to a geographic map.
"We are proud to have Bayer select Persephone as its primary genome browser for its in-house R&D, and we look forward to working with Bayer for many years to come," said Richard Hamilton, President and CEO of Ceres. "The explosion of low cost full genome DNA sequencing, from plant science to biomedical research, is creating incredibly large data sets that are rich sources of information if mined effectively. Persephone provides us with a significant near-term opportunity to leverage our expertise in bioinformatics and genetic analysis, while accelerating our own internal research and development work," Hamilton said.
Dr. Jakob de Vlieg, Head of the Computational Life Sciences group at Bayer CropScience said, "Our company will benefit from implementing this integrated solution, as this platform is allowing interactive querying and integrated visualization of various omics data. The Persephone genome browser impressed both our geneticists and bioinformaticians with its performance and user friendly interface. Persephone will allow them to make decisions on experimental approaches."
Tim Swaller, Ceres' Vice President of Genomics Technologies, noted that speed is taken for granted across most software markets, but the genetics market has struggled with massive datasets generated by DNA sequencing and genetic testing. For instance, a typical genome contains multiple terabytes of data. Plant genomes, which can be larger than the human genome, have been some of the most challenging.
To help solve the speed problem, and expand the way researchers can explore and mine genetic data, Persephone software engineers have developed a number of proprietary data-compression methods and other optimizations. "The speed itself changes the way researchers can use their data. It encourages more exploratory research and better utilization of genetic data," said Swaller. Ceres has used Persephone in its marker-assisted breeding and biotech trait pipelines to speed the development of elite parental breeding lines and improved sorghum hybrids for Brazil.
Swaller said that Persephone can be deployed across a number of life science technology platforms that utilize genetic data. Ceres currently offers Persephone as a client-server installation and is developing a Software as a Service (SaaS) model that is intended to provide individual researchers with an online tool to visualize and compare genetic information stored in public databases. The company has targeted the deployment of a cloud-based beta version of Persephone by the end of this year.
"We believe there is a large number of individual researchers currently that could benefit from the Persephone interface," Swaller said. He noted that Ceres is also exploring opportunities for the software outside of the plant sciences.
About Persephone
Persephone is a genome visualization application marketed by Ceres, Inc. The software allows researchers to explore DNA databases in much the same way online mapping programs allow users to explore geographic regions and places. Persephone has been designed to display diverse data such as genetic maps, genomic sequences, gene models, synteny, QTLs, SNPs, RNA-Seq, and gene expression, among others. The software features an ultra-fast graphics-rendering engine that can load and visualize 30 million SNPs in 30 seconds in client-server installations. Persephone is a trademark of Ceres, Inc.
About Ceres
Ceres, Inc. is an agricultural biotechnology company that markets seeds for energy crops used in the production of renewable transportation fuels, electricity and bio-based products. The company also licenses its genetics technology, software and biotech traits to other organizations.
Ceres licencia software de pesquisa de DNA para a Bayer CropScience
Ceres, Inc., empresa agrícola de biotecnologia e de sementes, anunciou ter licenciado seu aplicativo de busca e visualização genomica Persephone para a Bayer CropScience. O contrato de licença multianual do software e colaboração oferece uma licença não-exclusiva para a Bayer, bem como serviços profissionais, incluindo suporte, customizações e manutenção. A Bayer é a segunda empresa multinacional biocientífica a ter o Persephone licenciado como seu “navegador” genomico principal.
Originalmente desenvolvido pela Ceres para uso interno, o Persephone permite aos pesquisadores com rapidez ampliar ou diminuir o zoom em grandes quantidades de dados genéticos, de um nível de cromossomos a uma simples base de DNA. Em cima desses dados, os usuários podem sobrepor e cruzar referências de informações, praticamente da mesma forma que os serviços de mapeamento geográfico permitem aos usuários adicionar informações sobre o tempo ou locais de negócios a um mapa de coordenadas.
“Estamos orgulhosos de a Bayer ter selecionado o Persephone como principal sistema de busca genomica para uso interno em Pesquisa e Desenvolvimento, e estamos ansiosos para trabalhar com a Bayer por muitos anos”, diz Richard Hamilton, presidente e CEO da Ceres. “A explosão do sequenciamento de genoma a baixo custo – tanto da ciência das plantas como da pesquisa biomédica – está criando conjuntos de dados incrivelmente grandes que são ricas fontes de informação, se prospectadas de forma eficiente. O Persephone nos proporciona uma oportunidade de curto prazo significativa em aproveitar a nossa expertise em bioinformática e análise genética, enquanto acelera o nosso trabalho de pesquisa e desenvolvimento interno”, disse Hamilton.
Dr. Jakob de Vlieg, chefe do grupo Computational Life Sciences da Bayer CropScience afirma: “Nossa empresa vai se beneficiar da implementação desta solução integrada, já que esta plataforma permite a consulta interativa e a visualização integrada de vários dados ômicos. O sistema de busca e pequisa de genoma Persephone impressionou nossos geneticistas e bioinformatas, tanto por seu desempenho como por sua interface amigável. O Persephone vai facilitar à eles a tomada de decisões em abordagens experimentais”.
Tim Swaller, vice-presidente de Tecnologias Genômicas da Ceres, observa que a velocidade é tida como base, na maioria dos mercados de software, mas o mercado de genética tem lutado com massivos conjuntos de dados gerados pelo sequenciamento de DNA e testes genéticos. Por exemplo, um genoma típico contém vários terabytes de dados. Genomas de plantas, que podem ser maiores do que o humano, tem sido os mais desafiadores.
Para ajudar a resolver o problema da velocidade e expandir o modo como os pesquisadores podem explorar e prospectar dados genéticos, os engenheiros do software Persephone desenvolveram métodos de compressão de dados e outras otimizações. “A velocidade muda a maneira como os pesquisadores podem usar seus dados. Ela incentiva a pesquisa mais exploratória e uma melhor utilização dos dados genéticos”, diz Swaller. A Ceres tem usado o Persephone no melhoramento genético assistido por marcadores e pipelines de características para acelerar o desenvolvimento de linhagens parentais de elite e melhoria dos híbridos de sorgo para o Brasil.
Swaller afirma que o Persephone pode ser empregado por meio de plataformas de tecnologia biocientíficas que utilizam dados genéticos. A Ceres oferece atualmente o Persephone como uma instalação de cliente-servidor e está desenvolvendo um software como um modelo de serviço (SaaS), que se destina a fornecer aos pesquisadores individuais uma ferramenta online para visualizar e comparar as informações genéticas armazenadas em bancos de dados públicos. A empresa tem como alvo o emprego de uma versão beta baseada em nuvem do Persephone até o final deste ano.
“Acreditamos que há muitos pesquisadores individuais atualmente que poderiam se beneficiar a partir da interface do Persephone”, disse Swaller. Ele salienta que a Ceres também está explorando oportunidades para o software fora da agricultura.
SOBRE O PERSEPHONE
O Persephone é um aplicativo de visualização do genoma comercializado pela Ceres, Inc. O software permite que os pesquisadores explorem as bases de dados de DNA da mesma forma que os programas de mapeamento on-line permitem aos usuários explorar regiões geográficas e lugares. O Persephone foi projetado para exibir diversos dados, como mapas genéticos, sequências genômicas, modelos de genes, sintenia (QTLs, SNPs, RNA-Seq, e expressão gênica, entre outros. O software possui um sistema de renderização gráfica ultra-rápida que pode carregar e visualizar 30 milhões de SNPs em 30 segundos em instalações de cliente-servidor. O Persephone é uma marca de Ceres, Inc.
Topics
Species
